В 1994 году Государственный Комитет по высшему образованию присвоил институту статус Ставропольской государственной сельскохозяйственной академии.
Приказ о переименовании Ставропольского сельскохозяйственного института
Лицензия на право ведения образовательной деятельности в сфере профессионального образования
В 1998 году был открыт учетно-финансовый факультет, который в 2003 году реоргауенизтся в факультет бухгалтерского учета и аудита и факультет финансов и банковского дела.
Новый импульс в развитии академия получает в 1999 году с приходом к руководству доктора сельскохозяйственных наук, профессора Владимира Ивановича Трухачева. Открываются новые специальности, значительно расширяется материально-техническая и учебная база, благоустраивается территория академии.